Công ty cổ phần Vinaconex 21 có tiền thân là đội công trình kiến trúc II thuộc Ty kiến trúc Hà Tây chuyển đổi thành Công ty Xây dựng Khu Nam. Công ty là một đơn vị hạch toán độc lập với nhiệm vụ thi công các công trình thuộc địa bàn thị xã Hà Đông và tỉnh Hà Tây, tỉnh Hà Sơn Bình cũ.

Công ty chuyển đổi thành Doanh nghiệp Nhà nước Công ty Xây dựng Khu Nam theo quyết định số 473/QĐ-UB ngày 01/12/1992 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tây xác định lại năng lực pháp lý của doanh nghiệp trong thời kỳ mới. Năm 2002, Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tây có Quyết định số 1362/QĐ/UB về việc chuyển Công ty Xây dựng Khu Nam tỉnh Hà Tây sang làm doanh nghiệp thành viên của Tổng Công ty Xuất nhập khẩu và Xây dựng Việt Nam.

Ngày 11/10/2002, Bộ trưởng Bộ Xây dựng có Quyết định số 1278/QĐ-BXD về việc tiếp nhận Công ty Xây dựng Khu Nam tỉnh Hà Tây làm thành viên của Tổng Công ty Xuất nhập khẩu và Xây dựng Việt Nam, đồng thời đổi tên thành Công ty Xây dựng số 21 - Vinaconex 21.

Ngày 14/12/2004, theo chủ trương của Chính phủ về đổi mới và phát triển doanh nghiệp, Bộ trưởng Bộ Xây dựng có Quyết định số 1995/QĐ-BXD về việc chuyển đổi Công ty Xây dựng số 21 thành Công ty cổ phần Xây dựng số 21 với mức vốn điều lệ ban đầu là 6 tỷ đồng (thực góp 5.812.500.000 đồng). Ngày 20/03/2007, Đại hội đồng cổ đông họp thống nhất kế hoạch tăng vốn điều lệ lên 40 tỷ đồng.

Ngày 31/01/2008, Công ty hoàn tất đợt chào bán phát hành cổ phần tăng vốn điều lệ, vốn điều lệ thực góp là 17 tỷ đồng. Đến ngày 15/10/2009, vốn điều lệ của CTCP Xây dựng số 21 là 17 tỷ đồng. Trong đó, Tổng Công ty Vinaconex nắm giữ 60% cổ phần; cổ đông là thành viên HĐQT, Ban Kiểm soát, Ban Tổng Giám đốc, Kế toán trưởng nắm giữ 6,96%; CBCNV trong Công ty nắm giữ 22,53%; các cổ đông ngoài Công ty nắm giữ 10,51% cổ phần còn lại.

Ngày 21/04/2010, cổ phiếu của Công ty cổ phần Xây Dựng số 21 chính thức được giao dịch trên Sàn Giao dịch chứng khoán Hà Nội (HNX) với mã chứng khoán V21.
Ngày 20/04/2012, Công ty chính thức đổi tên thành Công ty cổ phần Vinaconex 21.